In der Regel finden 2 ökumenische Gottesdienste pro Schuljahr statt: An Weihnachten und zum Schuljahresschluss. In Absprache mit der Kirchengemeinde kann der Gottesdienst in der evangelischen Kirche von Heitersheim stattfinden. Aber auch die Aula der Malteserschule wird für religiöse Feiern genutzt.
Vorbereitet werden die Gottesdienste zumeist von Pfarrerin Ulrike Oehler und Frau Gabriele Sinemus. Alle, die sich engagieren möchten sind herzlich eingeladen, sich an der Vorbereitung zu beteiligen. Zu verschiedensten religiösen Feiern bildet sich anlassbezogen eine Schulband aus Lehrern und Schülern, die die Lieder begleitet oder die Feier musikalisch umrahmt.
Es wird darauf Wert gelegt, dass sich jede Klasse im Gottesdienst einbringen kann. Sei es durch das Lesen, Sprechen oder Gebärden eines Gebetes, durch die musikalische Gestaltung von Liedern, durch meditative Tänze oder durch das Darstellen von biblischen Geschichten in Bildern und Rollenspielen.
Bei den gemeinsamen Gottesdiensten erfahren sich die Schülerinnen und Schüler gemeinsam mit allen teilnehmenden Erwachsenen in besonderer Form als Schulgemeinschaft.
Schülerinnen und Schüler mit einer anderen Religionszugehörigkeit, sowie nicht getaufte Kinder und Jugendliche sind im Gottesdienst herzlich willkommen, können aber auf Wunsch auch freigestellt werden.