In der Regel finden 2 ökumenische Gottesdienste pro Schuljahr statt: An Weihnachten und zum Schuljahresschluss. Die Gottesdienste finden in der Regel in der Aula der Malteserschule statt. In Absprache mit der Kirchengemeinde kann der Gottesdienst auch in der evangelischen Kirche von Heitersheim stattfinden.
Vorbereitet werden die Gottesdienste von Religionslehrerin Ursula Glaisner in Kooperation mit den Kolleginnen und Kollegen, die das Fach Religion unterrichten. Alle, die sich engagieren möchten sind herzlich eingeladen, sich an der Vorbereitung zu beteiligen. Zu verschiedensten religiösen Feiern bildet sich anlassbezogen eine Schulband aus Lehrern und Schülern, die die Lieder begleitet oder die Feier musikalisch umrahmt.
Es wird darauf Wert gelegt, dass sich jede Klasse im Gottesdienst einbringen kann. Sei es durch das Lesen, Sprechen oder Gebärden eines Gebetes, durch die musikalische Gestaltung von Liedern, durch meditative Tänze oder durch das Darstellen von biblischen Geschichten in Bildern und Rollenspielen.
Bei den gemeinsamen Gottesdiensten erfahren sich die Schülerinnen und Schüler gemeinsam mit allen teilnehmenden Erwachsenen in besonderer Form als Schulgemeinschaft.